A história da série é focada nos esforços do professor de espanhol Will Schuester, em reerguer o coral da escola William McKinley em Lima, Ohio, chamado de "Glee Club" (Clube do Coral), que no passado foi motivo de grande orgulho para todos os alunos na instituição. No entanto, a escola não tem recursos para sustentar o coral, que a princípio só atrai os alunos pouco populares e estigmatizados.

Assim, eles precisam chegar à final do campeonato regional de corais para garantir a verba para continuar funcionando. No meio disso, a professora Sue Sylvester, que treina o time de líderes de torcida da escola, que já venceu inúmeros campeonatos, está disposta a tudo para atrapalhar o sucesso do coral "Novas Direções", já que ele pode resultar em menos prestígio e dinheiro para seu time de líderes de torcida.

Após ficarem em segundo lugar nas Regionais, perdendo para o Vocal Adrenaline, e a transferência de Matt para outra escola, os alunos voltam à escola ainda mais perdedores aos olhos dos outros estudantes.

Para movimentar o drama temos o namoro conturbado de Finn e Rachel, a separação de Tina e Artie, formando um novo casal que seria Tina e Mike, a volta de Quinn como líder de torcida, a prisão de Puck, o bullying contra Kurt, entre outras situações. Além do mais, temos a participação de novos personagens, como a nova treinadora de futebol Beiste, o novo aluno Sam Evans, que só após algum tempo resolve entrar no Glee, Sunshine uma aluna de intercâmbio que faz uma audição para entrar no Glee, porém acaba sendo transferida e vai para o Vocal Adrenaline, tudo por causa de Rachel. Ainda há Blaine, um novo personagem homossexual que pertence a um coral rival, mas que mantém uma certa amizade com Kurt.

Nesta temporada a série também ganha à presença de grandes celebridades, tal como a cantora pop Britney Spears, os atores John Stamos (Carl – novo namorado de Emma), Gwyneth Paltrow (Holly Holiday – professora substituta) e Carol Burnett (Mãe de Sue).